Entrou na prisão a 25 de Abril de 2013 e acabou por passar o Natal desse ano na cadeia da Carregueira. Foi detido  à porta da Câmara de Oeiras, para cumprir pena de dois anos de prisão por fraude fiscal e branqueamento de capitais. Saiu em liberdade a 24 de junho de 2014, depois de 427 dias atrás das grades.

Começou por cumprir meio mês de cadeia no estabelecimento prisional anexo à Polícia Judiciária, tendo sido mais tarde transferido contra vontade para a Carregueira.

Ali, escreveu um diário que em 2015 apresentou como livro. De senhor Presidente passou a ser o preso 721 e é essa experiência que relata.

Sobre o Natal que ali passou, confessa ao Portal de Notícias que, apesar dos esforços para tornar o cárcere menos penoso na época natalícia, continua a ser uma prisão. Pede ainda a quem está em liberdade que pense em quem «está a sofrer e está só».

Isaltino foi condenado em 2009 a sete anos de prisão, à perda do mandato autárquico e a pagar uma indemnização de 463 mil euros ao Estado por fraude fiscal, branqueamento de capitais, abuso de poder e corrupção passiva para acto ilícito.

Um ano depois, em 2010, o Tribunal da Relação reduziu-lhe a pena de prisão para dois anos, baixou a indemnização para 197 mil euros e invalidou as condenações por corrupção passiva e abuso de poder, anulando também a pena acessória de perda de mandato. Em 2011, o Supremo confirmou a pena de dois anos e a anulação da perda de mandato, mas voltou a fixar a indemnização em 463 mil euros.

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